In den 1980er Jahren entstand innerhalb der deutschen Volksgruppe in Dänemark der Wunsch, die eigene Geschichte und Kultur in Form einer musealen Ausstellung zu präsentieren. Im Frühjahr 1988 wurde das Deutsche Museum Nordschleswig in Sonderburg eröffnet (damals noch unter dem Namen "Haus für deutsche Geschichte und Kultur in Nordschleswig"), welches es sich zur Aufgabe machte, Gegenstände zu sammeln, bewahren und auszustellen, die als Ausdruck deutsch-nordschleswigschen Lebens innerhalb des Landesteils Nordschleswig vom 19. Jahrhundert bis zur Gegenwart verstanden werden.
Da die museale Sammlung im Laufe der Zeit immer umfangreicher wurde, erfolgte im Jahre 1992 ein Umzug des Museums in die geräumigeren oberen Stockwerke am Rønhaveplads 12. In dem Gebäude waren einst Verwaltung und Wohnräume der früheren Sonderburger Brauerei untergebracht. Inzwischen befindet es sich im Besitz des Verbandes Deutscher Büchereien Nordschleswig, der eine Büchereifiliale in den Räumen im Erdgeschoss betreibt.
Das Deutsche Museum Nordschleswig gehört dem „Trägerverein Deutsche Museen Nordschleswig“ an und wird vom Bund Deutscher Nordschleswiger, der Dachorganisation der deutschen Volksgruppe in Dänemark, unterstützt.
Insbesondere durch das Engagement ehrenamtlicher Mitarbeiter wird der Betrieb des Museums aufrechterhalten.
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